位處南丫島南面的深灣，早於1999年被列為具特殊科學價值地點(SSSI)，是本港唯一有全球瀕危綠海龜產卵的地點，可是最近一次產卵紀錄已是2012年。在深灣和東澳灣的海葵和珊瑚群落中，可找到一些本地罕見的硬珊瑚品種。這裡的石礁生境育養眾多海洋物種，記錄顯示最少有73種魚類物種，而其中的23種為本地罕見物種如瀕危的扯𣄃𩶘。易危的江豚也會在南丫島南對出水域出沒。1999年，漁農自然護理署曾評估在深灣及東澳灣等地設立海岸保護區的可行性。

海上交通、光害和噪音污染等人為干擾，都會妨礙雌性綠海龜上岸產卵。漁網纏繞和誤食海洋垃圾都是令海龜死亡的常見原因。深灣的海洋垃圾問題嚴重，雨季時情況更甚。水底噪音亦會進一步削減江豚在附近水域的活動範圍。有環保團體於2013至2015年間進行研究，顯示夏季周末高峰時共有17艘船隻在該水域停泊，並發出巨大聲浪，遊人於限制進出期內進入深灣海灘，為海龜帶來干擾。



 
 

 

●將南丫島南劃為海岸公園，並擴大限制區域。於沙灘及附近淺灘實施遊人管制，尤其於海龜繁殖期，以減少對綠海龜的滋擾
●將該海灣的船速上限訂為五海里，減少海龜被船撞的機會
●研究設立不宜碇泊區、禁止三層刺網捕撈及限制休閒船隻數量的可行性
●規管浮潛等人類活動，減低對脆弱生境地造成的干擾，並於海龜繁殖期，採取限制捕魚和休閒船隻進出等措施
●實行每星期清理海灘上的鬼網和海洋垃圾