吐露港海灣孕育了多樣物種，赤洲和海下灣則蘊含60%本地石珊瑚品種，並擁有超過153種魚類，當中包括非常稀有、瀕危及具市場價值的紅斑。吐露港的紅樹林群落，為香港東面水域中最大。汀角和附近的龍尾錄得超過300種海洋物種，蘊含豐富生物多樣性，包括最新發現、香港獨有的汀角攀樹蟹、以及易危的管海馬和五種海星品種。內海地區對於支持常居和迴游物種非常重要，而深涌則是受保護的白腹海鵰的築巢地點。其中幾個地點早前已被劃定為有優先保育價值。政府曾建議將吐露港劃為漁業保護區。

東部和南部的海岸線經已完全被填平。由於吐露港是個半封閉的海灣，水流緩慢，導致家居及工業污水積聚。吐露港是全港最常出現紅潮的地方，紅潮令海水缺氧，造成嚴重的生態和經濟損失。頻密的捕撈活動亦增加了幼魚、蟹類、海膽、海參、雙殼貝類和腹足綱軟體動物的壓力。吐露港內灣和外島是遠足、潛水、浮潛和划艇的熱點。周末期間常有數以百計的遊客掘蜆，干擾生態。岸邊及水底均存在海洋垃圾問題。

●將吐露港劃為海岸保護區，並將最少30%水域劃為禁捕區
●制訂休閒活動守則，並劃定保育管理區（如汀角），只可在區域外進行受規管的掘蜆活動
●提供公共設施如增設教育中心及展板以吸引遊人
●實施一個紀錄系統以收集捕魚資料，並禁止三層刺網和蛇籠等非選擇性捕魚方式，在漁業保護區周邊範圍（如500米內）禁止放生活動
●與學界、漁民、當地社區、村領袖和非政府組織合作，採取共同管理方式